Hallo Micha,
da die Ordner auch bei Zugriff über Putty/ Konsole Verschwunden sind, scheint mir das kein Samba - Problem zu sein. Sind die Ordner auch dann weg, wenn das mit SU Rechten Zugreifen möchtest?
Was sagt ein fschk im Fehlerfall und wie unterscheidet sich dessen Ergebnis vom Gut-Zustand?
Gruß computerschrat