Die Meldung wird häufiger vorkommen, da muss Du schon selbst entscheiden, ob das wichtig ist oder nicht - und im Zweifel die Datei eben besser nicht löschen.
Aber wie bist Du denn überhaupt zu dieser Konstellation gekommen? Das hört sich nicht nach einer sauberen Systeminstallation an. Und was meinst Du damit, wenn Du sagst, Du hast die Dateien jetzt oben?