Windows ist da leider sehr eigen und neigt dazu, sich selbst als das einzig Wahre zu betrachten.
Fremde Dateisysteme gelten als Teufelswerk und werden wie unformatiert behandelt.
Das kann wohl kaum stimmen, ich habe weder unter XP, Vista oder Windows7 so ein Verhalten gesehen ...sonst würden z.B. Recovery-, Bootmanager- und Linuxpartitionen ständig angemeckert werden, ist aber nicht so. Meine Erfahrung ist, dass Windows in solchen Fällen das Format als unbekannt deklariert ...und das war es auch schon. Wenn man über einen Diskeditor die Partionstabelle von Hand etwas manipuliert (System-Flag), wird der gleiche Effekt erzielt ...so kann man Partitionen scheinbar verstecken, was manche Partitionierer auch so praktizieren.
Was ist denn das für eine "untypische" Formatierung?
Oder soll es tatsächlich nur eine versteckte Partition sein?
Falls letzteres stimmt, muss die Partition nur anders versteckt werden. Man kann den MBR sichern und den Eintrag zu dieser Partion aus der Partitionstabelle löschen ...was aber die Gefahr birgt, dass jemand auf dem vermeintlich unzugeordneten Speicher eine neue Partition mit entsprechenden Folgen erstellt. Das lässt sich leider genausowenig schützen wie neu formatieren.
Wenn die Partition besondere Wichtigkeit hat, würde ich ihr eine eigene externe Platte zu gönnen ...oder könnte sie auf einen Stick passen? Da gibt es welche, die man evtl. ausreichend schreibschützen kann (Hardwareschalter)
mfg Ralf