Hallo Micha,
wenn Du noch reichlich Platz auf deiner internen Festplatte hast, dann schiebe deine wichtigen Dateien von der externen Festplatte auf die Interne und dann formatierst Du die externe Festplatte einfach. Nach der Formatierung ziehst Du deine gesicherten Dateien wieder zurück auf die Externe!
Gruß, spirit