Hmh, mal zur Richtigstellung:
Ich hatte das Problem auch schon, kam durch ne Neuinstallation von XP. Die wurde fehlerfrei durchgeführt, hab ich nicht gemerkt und nochmal installiert.
Die Platte D war als Primäre Partition und voll bootfähig eingestellt. Windows muss NICHT zwingend auf C:\ liegen, kann auch von jedem anderen Buchstaben aus gestartet werden.
Die C:\ zu löschen wäre in diesem Fall kein Problem. Windows startet trotzdem.
Allerdings sollte man das eben VORHER prüfen ;)
Dafür kann man ja einfach mal in die msconfig schauen, was für ein Startpfad für das Betriebssystem eingegeben ist.
Alternativ kann ja auch, bei wirklich gleicher Installation, der Windows Pfad auch verschoben werden, dann auf D:\ verweisen, wo das andre liegt um dann die C:\ zu löschen.
Allerdings würd ich dann doch eher die Laufwerksnamen andersum neu benennen, um XP nachher auf C:\ zu haben und eben die neue (evtl. unbenannte) Partition zu löschen.