Hi, das mit der "speziellen Partition" habe ich nicht so wirklich verstanden...
Hier wäre ein Fall für ein Live System wie Computerbild Notfall CD, Parted Magic oder was ähnliches- im Netz zu finden, samt Anleitungen.
Du könntest mit gparted die Systempartition verkleinern, also bis auf dem belegten Speicher, nachher die HDD klonen.
Da ich meistens per ssh sowas mache, dabei verwende ich ein Tool wie dd, kann ich nur hier dies aufs Auge drücken:
"Echtes" Klonen von Festplatten.
Verfügst du über sowas wie Acronis True Image, Paragon Drive Copy oder halt die Testversionen davon nehmen würdest, damit kann man auch unterschiedliche HDD-Größe Festplatten klonen.
Das heißt, sowie ich das noch von Drive Image kenne, entweder die Quellpartition oder Zielpartition anpassen.
Bei dir müsstest du die Quellpartition passend machen, dann klonen lassen.
Natürlich solltest du deine wichtige Daten vorher sichern, also wie du schon erwähntest auslagern.
mfg xmax