In dem Fall werden möglicherweise auch deine Partitionsbuchstaben neu angelegt.
Im Normalfall sähe das bei Boot von Platte 2 so aus, wenn du Win7 gleich auf diese Weise installiert hättest und alle Partitionen primär sind:
C: - Win7
D: - Daten
E: - XPx64
F: - Programme
Sind Daten und Programme dagegen erweitert/logisch, sieht es normalerweise dann so aus:
C: - Win7
D: - XPx64
E: - Daten
F: - Programme
Allgemein kommen zuerst alle primären Partitionen aller Laufwerke, entsprechend der Reihenfolge der Festplatten, dabei zuerst immer die Bootplatte, dann alle logischen, wieder der Reihenfolge der Platten nach.
Optische, externe, sonstige Laufwerke jetzt mal unberücksichtigt.
Bootetst du nun von Platte 1, ändern sich die Buchstaben entsprechend, nachträgliche manuelle Änderungen ebenfalls unberücksichtigt.
Windows akzeptiert auch mehr als 4 primäre Partitionen. Die Beschränkung gilt nur für die Partitionierung jeder einzelnen Festplatte.
Wenn du von der DVD bootest, kannst du schon vor der Installation im Setup sehen, ob deine Datenpartition vorhanden ist.
In dem Fall wüsste ich erstmal nicht, warum das nach der Installation anders sein sollte.
Installiere vielleicht Windows 7 nochmal neu, wie von Kalle angesprochen.