Jetzt sind bestimmt einige Dateien von Deinem Root-Verzeichnis überschrieben worden, sehr wahrscheinlich auch die Bootsektoren und die Partitionstabelle. Da ist guter Rat teuer...
Vielleicht hilft eine Reparatur per XP-Konsole (mit der XP Inst.-CD), jedoch kann das System bereits irreparabel zerstört sein, so daß wenig Hoffnung besteht. Ich selbst würde die Partition mit einer W98 Startdiskette einfach noch einmal bzw. zu Ende formatieren (obwohl es nicht zwingend notwendig ist) und XP neu darin installieren. Am Einfachsten wäre natürlich, ein Image zurückzuspielen, vermutlich hast Du das aber nicht angelegt, das wäre nach der Installation aber anzuraten, dann sind solche Lapsen künftig in 5 Minuten behoben.