Hallo,
die Festplatte sollte das BIOS unabhängig von der Bootsequenz erkennen können. Wenn nicht, ist im BIOS was falsch eingestellt oder die Platte defekt.
Ich vermute aber mal, daß du mit Hilfe von Knoppix o.ä. die Festplatte formatieren willst. Das würde ich aber nur empfehlen, wenn nachher eine Linux-Distri draufkommt. Wenn du aber nachher Windows draufhaben möchstest, solltest du auch erst in Windows formatieren.
Soweit erstmal,