Vielleicht bist Du virenfrei, aber vielleicht hast Du einen Hack oder ein Skript auf dem Rechner, was nicht unbedingt als Virus erkannt wird.
In Windows kann man auch Ordner oder Dateien mit Leerzeichen vor dem Namen eigentlich nur aus der Windows-Konsole bzw per Skript erstellen. Oder eben über "spezielle" Programme (Mit Native-API statt Windows-API) oder Dateien mit eingebettetem "Schadcode" wie beispielsweise PDF-, Bild-oder Video-Dateien. Zumindest bei entsprechenden PDF-Dateien die mit dem neusten Acrobat Reader geöffnet werden, wird man per Warnhinweis auf sowas aufmerksam gemacht.
Dein Problem kann ich aber jetzt auf die Schnelle und aus der Ferne nicht lösen, obwohl, vielleicht funktioniert das Löschen im abgesicherten Modus (glaube ich aber nicht) oder ziemlich sicher, wenn Du Deinen Rechner mit einer Linux Live CD startest und darüber die betreffenden Ordner und Dateien löschst, dass müsste eigentlich funktionieren.