Natürlich geht das, wäre ja noch schöner wenn nicht.
Beim Installationsvorgang musst Du nur die richtige Festplatte formatieren. Um Datenverlust auszuschliessen, solltest Du vielleicht sicherheitshalber Deine Datenplatten vorübergehend abstöpseln (Datenkabel trennen), dann kann denen nichts passieren, aber wenn man weiss was man tut, muss das nicht sein. Allerdings könnten auch noch Daten Deiner Programme auf der 80 GB-Platte gespeichert sein, wenn Du sie nicht auf die Datenplatten kopiert oder umgeleitet hast.
Wenn Du dann neu installiert hast, kannst Du die Datenplatten wieder verbinden (merke Dir welches Kabel an welcher Platte hing), sie werden dann autoatisch erkannt.