Hi,
ich bin mir auch nicht mehr ganz sicher, ob wir über das Gleiche reden.
Bei nochmaligem durchlesen Deiner Frage scheinst Du von beliebigen Dateien, die Du auch selber erstellen kannst, zu sprechen (also keine systemrelevanten Dateien, sondern Anwender-Dateien).
Ich habe zwar den Artikel wiedergefunden (Heft 11) und da steht auch teilweise etwas drin, das bezieht sich aber mehr auf 32- bzw. 64-bit-Programme und Treiber. Nach dem Überfliegen der 13 Seiten der verschiedenen Artikel, habe ich auch das mit den unterschiedlichen Dateiversionen nicht mehr gefunden, das muss noch irgendwo anders gestanden haben (falls mir einfällt wo, sehe ich nochmal nach).
Dabei frage ich mich, ob es einen Unterschied zwischen Dateien gibt, die mit einem 32-bit oder denen, die mit einem 64-bit-Programm erzeugt wurden. Ich kann das hier mangels 64-bit nicht vernünftig testen.
Jedenfalls sorgt eine Emulationsschicht (Windows-32-on-Windows-64 WOW64) in Windows dafür, dass bestimmte Dateizugriffe (in bestimmten Ordnern wie Programme -> Programme (x86), System32 -> SysWOW64) umgeleitet werden (keine symbolischen Links, wie oben vermutet), wenn mit bestimmten Programmen (32- oder 64-bit) darauf zugegriffen wird. Die Umleitung passiert auch mit Einträgen in der Registry beim Aufruf von z.B. COM-Bibliotheken.
Du schreibst ja, dass das Phänomen nur in bestimmten Ordnern auftritt, in Deinem Beispiel der Programme-Ordner (bzw. Program Files) das ist halt genau einer der Ordner wo diese Emulationsschicht greift, vielleicht hat das was damit zu tun. Ist aber nur eine Vermutung.