Die Vorgängerversionen sind Teil der Systemwiederherstellung. Löscht man die Systemwiederherstellungspunkte des Systems verschwinden normalerweise auch die Vorgängerversionen von Dateien. Aber das Ganze würde nicht nur den einen Ordner betreffen sondern das ganze System.
Also nochmal: Finger weg von Systemordnern.
das Ganze wird sich selbst bereinigen. Der Prefetch wird wieder gefüllt, und die veralteten Vorgängerversionen werden ebenfalls früher oder später bereinigt.