Ich würde es immer über die Konsole machen. Wenn dein System fehlerhafte Systemdateien hat und nicht mehr startet, kommst du ja nicht mehr zum Arbeitsplatz. Die Prüfung dürfte die gleiche sein, wenn du beide Optionen aktivierst. Wenn man schonmal dabei ist gleich -r statt -f. Dauert zwar länger aber wenn bei f fehler gefunden werden, muss man -r ja sowieso ausführen.
Wenn ein chkdsk nicht hilft, im Abgesicherten Modus versuchen einen Fehler zu diagnostizieren. Wenn man überhaupt nicht weis, was es sein kann, könnte eine Reparaturinstallation bei xp helfen.
Gruß