hi,
verstehe dein Problem nicht so ganz. Außer, das Programme als Standardspeicherverzeichnis die eigenen Dateien benutzen, gibt es doch keine unmittelbaren Verknüpfungen der eigenen Dateien mit den Programmen. Und die Standardspeicherverzeichnisse lassen sich im jeweiligen Programm einstellen. Außerdem kannst du jeden beliebigen Ordner als eigene Dateien definieren und diesen somit zum Systemordner machen. Vor Windowsstart eine Datgei oder einen Ordner umbenennen geht meines Wissens nicht, außer vielleicht, wenn du z. B. mit einer Linux Live Version bootest (Ubuntu, Knoppix) und dann ein umbenennen möglich ist.