Wenn du ohnehin eine PCI-Karte einbauen willst, bestimmen nur die Fähigkeiten des darauf verbauten USB-Controllerchips die USB-Fähigkeiten der Anschlüsse auf der Karte, egal ob das Motherboard selbst USB2.0 oder nur USB 1.x unterstützt.
Vorausgesetzt natürlich du hast auch ein Betriebssystem mit USB 2.0-Unterstützung (Windows XP ab SP2, Vista, Linux....).