Dass eine Festplatte was hat, ist unwahrscheinlich, da ja im abgesicherten Modus alles normal lief und bei deaktivierten Systemstarteinträgen der Rechner auch wieder normal läuft.
Höchstens vielleicht, das beschädigte Dateien irgendwo beim Normalstart geladen werden sollen. Da sollte aber eine Fehlerüberprüfung der Systempartition genügen(Eigenschaften/Extras).
Wenn du nur bei Systemstart alles deaktiviert hast, teste eben durch, was genau den Start behindert.
Das kannst du ja dann mal posten.
Natürlich kannst du auch mal in der Ereignisanzeige nach Fehlermeldungen suchen über irgendwas, was nicht gestartet werden konnte.
Raid gibt's viel. Bei 0 ist Ende im Gelände, wenn eine Platte defekt ist. ;)