hallo, da du ubunu kennst, kannst du mit dd oder ddrescue die partition spiegeln- im netz gibt es anleitungen dazu.
oder du verwendest eine professionelle software wie true image, wie auch:
Festplatte klonen mit Clonezilla.
was die laufwerke betrifft, beim partition magic gab es mal ein tool (drive mapper), dass die nicht mehr stimmende pfade angepasst hat.
hier ein beispiel vom anderen tool:
Application Mover - nicht getestet.
den bootmanager, je nachdem was du verwendest, kannst du nachher reparieren oder neu installieren.
mache aber vorher einen backup, zumindest von der startpartition.
mfg