hallo, ich verwende den knoppix nicht mehr, aber schon bei den älteren versionen konnte man die eigenen einstellungen speichern.
schaue dir das start-menu an...
ich weiß aber noch, dass auf dem stick diese einstellungen zu speichern, schon ein paar minuten in anspruch genommen hat.
nachher beim booten wurde immer die erstellte datei selbständig gefunden und mit geladen.
aus der cd-zeit gibt/gab es noch den "home verzeichnis", den konnte man auf der hdd oder halt einem usb stick speichern.
als installierbare version, ubuntu oder ubuntu remix.
da du nicht erwähnt hast, was du damit machen willst, kann man auch nicht viel empfehlen.
fürs partitionieren, daten retten und ähnliches kann man gut den parted magic nehmen, als iso oder usb image zu bekommen.
mfg