Hallo Roman,
ohne eine Beispieltabelle ist es schwierig die Frage zu beantworten.
Wenn es sich bei den Daten um Zahlenwerte handelt, könnte ich mir vorstellen, dass die eingefügten Daten in nicht angezeigten Nachkommastellen Werte enthalten, die bei der manuellen Eingabe nicht eingegeben werden. Also z.B. der kopierte Wert ist 2,001, die Anzeige erfolgt mit zwei Nachkommastellen, also wird die Zelle angezeigt mit 2,00. Die manuelle Eingabe von 2,00 sieht genau so aus, ist aber nicht identisch mit dem über copy & paste eingefügten Wert. Deshalb wird hier kein doppelter Wert bei manueller Eingabe erkannt.
Vielleicht ist das ein Denkansatz, der ein Stück weiterhilft. Ansonsten stell mal eine Beispieldatei hier ein.
Gruß computerschrat