Hi,
zwar reichen meine Kenntnisse nicht ganz so weit, die Technik von USB lückenlos und mit geschlossenen Augen zu beschreiben, jedoch verwendet Windows bei USB-Laufwerken genau die selbe Kopiertechnik wie auch bei internen Laufwerken auf Basis von S-ATA oder ATA. Windows kann zwar zwischen externen Plug-N-Play-Geräten und internen ATA-Geräten unterscheiden - das dient aber nur als Übersichtshilfe für den Benutzer.
Die Wahrscheinlichkeit, dass die Daten "on-the-fly" beim Übertragen kaputtgehen, ist äußerst gering. Dazu ist USB mittlerweile einfach zu ausgereift.
Es müssen irgendwelche Lesefehler auf dem Quellrechner passiert sein.
Für solche Aktionen solltest Du generell Tools nehmen, die Quell- und Zieldatei nach dem Kopieren miteinander vergleichen. Dann hast Du es einfacher rauszufinden, an welcher Stelle es hakt. Der Windows-Explorer mit seinen Kopierfunktionen ist nur für die normale Arbeit im Alltag gedacht. Rettungsaktionen sollte man speziellen Programmen überlassen.