Es kommt immer drauf an was diese exe-Dateien konkret machen.
Viele sind nur Unterprogramme die von anderen Programmen aus aufgerufen werden und die ihre Ergebnisse irgendwo in eine Datei schreiben oder einfach in einer Variablen zurückgeben.
Es gibt auch exe-Dateien die scheinbar gar nix machen. z.B. wait.exe wartet einfach, die Zeit gibt man als Parameter in Millisekunden an. Verwende ich z.B. um ein NAS zu starten, nach dem Start-Befehl warte ich 30 Sekunden bevor ich die Laufwerke verbinde, die Zeit braucht das NAS zum hochfahren. wait.exe gibt dabei nix zurück. Wenn man das einfach so aufruft aus dem Explorer kommt auch kein Fenster oder sowas...