Hi Michael,
hast Du mehrere Partitionen? Ich hatte auch mal ein kräftiges Ding auf meinem Pc. Ich habe Win (auf meiner C:) neu installiert und er war immer noch nicht weg. Da habe ich gemerkt, dass sich der Virus auf meiner D: Partition gemütlich gemacht hatte :-) Aber ich gehe mal davon aus, dass Du alles gescannt hast, sonst würde er mit Malwarebytes normal etwas melden.
Hast Du Dir schon angeschaut was beim Windows-Start so alles geladen wird? Falls nicht, lade Dir mal CCleaner runter und schaue was da so im Autostart ist. Gegebenenfalls unnötiges löschen. Aber vorsichtig beim löschen, manches wird auch gebraucht.
Dann könntest mal noch einen Festplatten-Error-Test mit "HD-Tune" machen. Mache aber den vollständigen Test u. keinen Quick-Scan.
Desweiteren fällt mir noch die Temperatur ein. Das wurde glaube ich noch nicht erwähnt. Lade Dir z.B. PC-Wizard runter und schaue Deine Temperaturen an. Prozessor, Festplatte, Grafikkarte und ob sonst alle Lüfter laufen. Zu hohe Temperaturen mag die Geschwindigkeit nicht^^, da spreche ich aus Erfahrung :-). Falls die nicht ok sind, dann mal komplett (aber vorsichtig) alles reinigen und evtl. auch mal die Wärmeleitpaste vom Prozessor erneuern, wenn sie schon älter ist. Aber mache das nur, wenn Du erfahren bist. Für evtl. Schäden komme ich natürlich nicht auf. :-).
Gruß Basti.