Ich verwende für solche Sachen das Programm backintime, ein graphisches Frontend zur Datensicherung. Es ist sehr einfach zu konfigurieren, beim Einrichten musst du unter dem Reiter "Ausschließen" nur darauf achten, den Eintrag .* zu löschen, wenn du versteckte Ordner mitkopieren willst.
Das Programm gibt es für KDE und für Gnome, kann über Synaptic z.B. installiert werden.