Irgendwie ist deine Vorgehensweise nicht so nachvollziehbar, darum nochmals kurz:
[*] BIOS zurücksetzen
[*] mit der Onboard VGA hochfahren und alles für die PCIe einstellen
[*] Herunterfahren, umstecken, also mit der PCIe starten
[*] Schauen, ob POST kommt
Nicht mit der Onboard Windows erst installieren und dann umsatteln.
Hast du so gemacht, kannst du sehen, ob:
[*] die PCIe was ausgibt- das mit dem POST
[*] falls ja, dann ob Windows sie mitbekommt
Ein BIOS Update wäre eine Möglichkeit, aber da es nicht wirklich erkennbar ist, wo es hackt, schwer was genaueres zu sagen.
Hast du vor mit dem BIOS Update zu versuchen, schaue dir das Flash-Tool an, also mit Flash.exe /? oder in der Hilfe, Readme.txt und ähnliches nachschauen.
Vergesse nicht das BIOS vorher zu sichern.